La mia impressione è che sia assolutamente alla pari, tant'è che in produzione nei team con cui ho collaborato è capitato spesso di usare Spine per integrare VFX frame by frame senza problemi. La cosa scomoda semmai è creare le chiavi che cambino i frame (motivo per cui avevo fatto un piccolo script ai tempi!)
Ovviamente dipende anche dal numero di frame da alternare, dimensione, lunghezza dell'animazione, numero di scheletri a schermo e device target. In genere però se non si hanno limitazioni estreme va più che bene utilizzare Spine per integrare sprites animati.