シーケンスの桁数が1桁だと出力した際にdigitsが消失しているように思います
sequencetest1は12枚(00001~00012)
sequencetest2は9枚(00000~00009)
シーケンスを2桁で設定した場合(digitsがある)
"sequencetest1": {
	"images/sequencetest1_000": {
		"scaleX": 4,
		"scaleY": 4,
		"width": 640,
		"height": 360,
		"sequence": { "count": 25, "start": 0, "digits": 2 }
	}
},
1桁で設定した場合(digitsがない)
"sequencetest2": {
	"images/sequencetest2_0000": {
		"scaleX": 5,
		"scaleY": 5,
		"width": 512,
		"height": 288,
		"sequence": { "count": 10, "start": 0 }
	}
}
エディタ4.1.21
ランチャー4.1.07